Կազմավորվել է 1999 թ.-ին՝ մինչ այդ ինքնուրույն գործող բուժական, մանկաբուժական և բժշկական կանխարգելման ֆակուլտետների միավորման հիման վրա և, փաստորեն, համարվում է բուժական ֆակուլտետի իրավահաջորդը: Բուժական ֆակուլտետը հիմնադրվել է 1920թ.-ին: Ներկայումս դեկանատը ղեկավարում է Կ. Մ. Բարոյանը:
1961թ.-ին Երևանի պետական բժշկական ինստիտուտում հիմնադրվեց ստոմատոլոգիական ֆակուլտետը՝ հանրապետության ազգաբնակչությանը բարձրակարգ «բժիշկ-ստոմատոլոգ» մասնագետների ծառայություն ապահովելու նպատակով: 2011 թ. սեպտեմբերից ֆակուլտետի դեկանն է դոցենտ Լազար Կարլենի Եսայանը:
Երևանի բժշկական ինստիտուտի դեղագործական ֆակուլտետը հիմնադրվել է 1972 թվականին: Այն իր մեծ ավանդն ունի Հայաստանի դեղագործական ծառայությանը բարձրորակ կադրերով ապահովելու գործում: 2011 թվականից առ այսօր ֆակուլտետի դեկանն է Բագրատ Ենոքյանը:
ԵՊԲՀ-ի ռազմաբժշկական ֆակուլտետը ստեղծվել է 1994 թ. մայիսի 19-ի ՀՀ կառավարության. թիվ 232 որոշմամբ ԵՊԲՀ-ում գործող բուժծառայության կազմակերպման և էքստրեմալ բժշկության ամբիոնի հիման վրա: